本人が窓口に行けないのですが、代理人でも登録できますか？

代理人に印鑑登録申請をお願いすることはできますが（委任状が必要）、郵便による本人確認と意思の確認を行いますので、印鑑登録証の交付と印鑑証明書の発行は数日かかり、2回、窓口に来ていただくことになります。
緊急に必要な場合は必ず本人が来庁してください。（代理人による当日の発行はどのような理由であってもできません。）